Il Museo per la Storia raccoglie importanti collezioni di documenti riguardanti l'anatomia umana, le scienze mediche e chirurgiche e le scienze fisiche, ma non mancano materiali che illustrano la storia dell'università a partire dall'epoca della fondazione, risalente al 1361.
Per apprezzare la rilevanza del patrimonio custodito, va tenuto presente che, almeno fino al 1923, quella di Pavia è stata la principale struttura universitaria dell'area lombarda. Manoscritti e documenti a stampa di interesse giuridico e letterario, campioni naturalistici, strumenti scientifici e preparati medici costituiscono una testimonianza dell'attività scientifica e didattica di un numeroso gruppo di docenti che hanno dato contributi fondamentali nelle rispettive discipline.
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